梁镇邦,吴仁协,牛素芳,罗惠桂

• 1:广东海洋大学水产学院

摘要(Abstract)：

【目的】筛选高多态性竹?鱼(Trachurusjaponicus)微卫星(SSR)标记,并验证其在鲹科鱼类中的通用性。【方法】采用SLAF-seq技术识别竹?鱼基因组SSR标记,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点,并进行跨物种PCR扩增。【结果与结论】识别出43 264个二至六碱基重复SSR标记,二、三碱基重复SSR标记较多(90.33%)。筛选出37个多态性的二、三碱基SSR位点,各位点的等位基因数为4～26,期望杂合度为0.481～0.935,多态信息含量为0.440～0.934。有30个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡现象。共有28个竹?鱼SSR标记可在1种以上鲹科鱼类中有效扩增,分别有24、21、20、19和11个SSR位点可在蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、颌圆鲹(Decapterus macarellus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中稳定扩增,可为竹?鱼遗传资源评估和部分鲹科鱼类的系统进化分析提供重要遗传物质基础及有力的分析手段。

关键词(KeyWords)： 竹?鱼;微卫星标记;跨物种扩增;SLAF-Seq技术

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 广东省自然科学基金-博士启动资助项目(2016A030310329);; 广东海洋大学优秀青年骨干教师培养计划资助项目(HDYQ2017002);广东海洋大学科研启动费资助项目(R17040);; 广东省科技计划资助项目(2017A030303077);; 广东省海洋和渔业发展专项(科技攻关与研发,A201708D07)

作者(Author): 梁镇邦,吴仁协,牛素芳,罗惠桂

参考文献(References)：

• [1]刘静,吴仁协,康斌,等.北部湾鱼类图鉴[M].北京:科学出版社,2016:155.
• [2]农业部渔业渔政管理局.1999-2017年中国渔业统计年鉴[M].北京:中国农业出版社,1999-2017.
• [3]丁琪,陈新军,李纲,等.基于渔获统计的西北太平洋渔业资源可持续利用评价[J].资源科学,2013,35(10):2032-2040.
• [4]张魁,廖宝超,许友伟,等.基于渔业统计数据的南海区渔业资源可捕量评估[J].海洋学报,2017,39(8):25-33.
• [5]张静,姚壮,林龙山,等.北部湾口和南沙群岛西南部海域主要渔获种类的生物学特征及其数量分布[J].中国海洋大学学报(自然科学版),2016,46(11):158-167.
• [6]王雪辉,邱永松,杜飞雁,等.北部湾秋季底层鱼类多样性和优势种数量的变动趋势[J].生态学报,2012,32(2):333-342.
• [7]蒋日进.东海竹?鱼的摄食习性:2012年中国水产学会学术年会论文摘要集[C/OL].中国郑州,中国水产学会,2012:227.[2018-11-20].http://kns.cnki.net/KCMS/detail/detail.aspx?dbcode=CPFD&dbname=CPFD0914&filename=OGSB201211001217..
• [8]李忠炉,张文旋,何雄波,等.南海北部湾秋季蓝圆鲹与竹?鱼的摄食生态及食物竞争[J].广东海洋大学学报,2019,39(3):79-86.
• [9]胡晓亮,陈庆余,沈建.东海南部竹?鱼形态特征参数及其相关性比较分析[J].动物分类学报,2013,38(2):407-412.
• [10]王雨生,陈海华.凝胶化时间和卵清蛋白添加量对竹?鱼鱼糜凝胶特性的影响[J].食品科学,2013,34(3):64-69.
• [11]SONG N,JIA N,YANAGIMOTO T,et al.Genetic differentiation of Trachurus japonicus from the Northwestern Pacific based on the mitochondrial DNAcontrol region[J].Mitochondrial DNA,2013,24(6):705-712.
• [12]ZHAO L L,SONG N,LI N,et al.Genetic diversity and population structure of a pelagic fish,Jack Mackerel(Trachurus japonicus),based on AFLP analysis[J].Pakistan Journal of Zoology,2015,47(3):711-717.
• [13]DAE S C,HYE S A,TAEG Y O,et al.Eleven new microsatellite markers in Jack Mackerel(Trachuros japonicus)derived from an enriched genomic library[J].Genes and Genomics,2009,31(6):397-402.
• [14]郭宝英,谢从新,熊冬梅.微卫星DNA标记技术及其在鱼类中的应用[J].水利渔业,2007(4):5-9.
• [15]徐秀菊,刘丽,刘楚吾,等.流沙湾卵鳎微卫星标记的遗传多样性分析[J].广东海洋大学学报,2014,34(4):14-18.
• [16]常城,韩慧宗,王腾腾,等.基于RAD测序技术的单环刺螠(Urechis unicinctus)微卫星标记的开发及5个地理群体遗传结构分析[J].海洋与湖沼,2017,48(3):498-507.
• [17]邱昌亮.黄姑鱼高密度遗传连锁图谱的构建及其应用[D].厦门:集美大学,2018.
• [18]张佳佳,李杰,张国松,等.杂交黄颡鱼(黄颡鱼♀×瓦氏黄颡鱼♂)及其双亲遗传多样性的微卫星分析[J].水产科学,2018,37(5):612-621.
• [19]SUN X W,LIU D Y,ZHANG X F,et al.SLAF-seq:an efficient method of large-scale de novo SNP discovery and genotyping using high-throughput sequencing[J].Plo Sone,2013,8(3):e58700.
• [20]梅楚刚,王洪程,昝林森,等.基于高通量测序的动物基因组研究进展[J].西北农林科技大学学报(自然科学版),2016,44(3):43-51.
• [21]张浩冉,梁镇邦,吴仁协,等.利用SLAF-seq技术开发带鱼(Trichiurus japonicus)微卫星标记以及跨物种扩增检测[J].基因组学与应用生物学,2019,38(2):574-585.
• [22]张浩冉,梁镇邦,吴仁协,等.基于SLAF-seq技术的沙带鱼(Lepturacanthus savala)微卫星标记开发以及在近缘种中的通用性[J].基因组学与应用生物学,2018,37(8):3331-3338.
• [23]翟云,吴仁协,牛素芳,等.基于SLAF-seq技术开发蓝圆鲹微卫星标记及跨物种扩增检测[J].应用海洋学学报,2018,37(3):426-434.
• [24]NIU S F,ZHAI Y,WU R X,et al.Isolation and characterization of 49 polymorphic microsatellite loci for Decapterus maruadsi using SLAF-seq,and cross-amplification to related species[J].Journal of Oceanology and Limnology,2019,1(1):245-255.
• [25]萨姆布鲁克J,拉塞尔D W.分子克隆实验指南[M].3版.黄培堂,王嘉玺,朱厚础,等译.北京:科学出版社,2002:463-471.
• [26]SCHUELKE M.An economic method for the fluorescent labeling of PCR fragments[J].Nature Biotechnology,2000,18(2):233-234.
• [27]VAN OOSTERHOUT C,HUTCHINSON W F,WILLS DP M,et al.MICRO-CHECKER:software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data[J].Molecular Ecology Notes,2004,4(3):535-538.
• [28]PEAKALL R,SMOUSE P E.Gen Al Ex 6.5-genetic analysis in Excel.Population genetic software for teaching and research-an update[J].Bioinformatics,2006,28(19):2537-2539.
• [29]KALINOWSKI S T,TAPER M L,MARSHALL T C.Revising how the computer program CERVUSaccommodates genotyping error increases success in paternity assignment[J].Molecular Ecology,2007,16(5):1099-1106.
• [30]ROUSSET F.Genepop’007:a complete re-implementation of the genepop software for Windows and Linux[J].Molecular Ecology Resources,2008,8(1):103-106.
• [31]CRISTIAN B,CANALES A,SANDRA F.Isolation and characterization of microsatellite loci for the jack mackerel(Trachurus murphyi Nichols,1920)[J].Conservation Genetics,2009,11(3):1235-1237.
• [32]BARKER J S F.A global protocol for determining genetic distances among domestic livestock breeds[C].Proceedings of the 5th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production,1994,21:501-508.
• [33]BOTSTEIN D,WHITE R L,SKOLNICK M,et al.Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms[J].American Journal of Human Genetics,1980,32(3):314-331.
• [34]GALLEGUILLOS R,CANALES-AGUIRRE C B,FERRADA S.Genetic variability in jack mackerel Trachurus murphyi Nichols:New SSRs loci and application[J].Gayana,2012,76(1):67-71.
• [35]PEMBERTON J M,SLATE J,BANCROFT D R,et al.Nonamplifying alleles at microsatellite loci:a caution for parentage and population studies[J].Molecular Ecology,1995,4(2):249-252.
• [36]YU H T,LEE Y J,HUANG S W,et al.Genetic analysis of the populations of Japanese anchovy(Engraulidae:Engraulis japonicus)using microsatellite DNA[J].Marine Biotechnology,2002,4(5):471-479.
• [37]晏然,范江涛,徐姗楠,等.南海北部近海竹?鱼栖息地分布特征[J].生态学杂志,2018,37(8):2430-2435.
• [38]杨君,尚兴朴,姚艳霞,等.基于微卫星DNA标记分析刺槐叶瘿蚊遗传多样性指数与样本量的相关性[J].林业科学研究,2018,31(5):118-124.
• [39]PRIMMER C R,PAINTER J N,KOSKINNEN M T,et al.Factors affecting avian cross-species microsatellite amplification[J].Journal of Avian Biology,2005,36(4):348-360.