红鳍东方鲀B-FABP基因SNPs筛选及其与生长性状关联分析SNPs Screening of B-FABP Gene and Their Association with Growth Traits in Takifugu rubripes
杨晓,马文超,杨金,苟盼盼,包玉龙,王秀利,刘圣聪,仇雪梅
摘要(Abstract):
【目的】对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)脑型脂肪酸结合蛋白(B-FABP)基因进行筛选,并分析其SNPs与生长性状的相关性。【方法】利用重测序技术对红鳍东方鲀群体进行SNPs筛选,在位于2号染色体的B-FABP基因上进行PCR扩增和测序分析,通过最小二乘分析SNPs与生长性状的关系。【结果】共发现3个SNPs位点,分别为C442T、G676A、A731C,其中C442T位于第二外显子上,G676A与A731C位点位于第三内含子上,并且C442T位点的突变导致氨基酸中苏氨酸(Thr)变为甲硫氨酸(Met);C442T位点CC基因型个体与TT基因型个体之间无显著差异(P>0.05);G676A位点GA基因型个体的体质量、体高、尾柄宽均显著高于AA基因型个体(P<0.05);A731C位点AA基因型个体的体质量、体长、体全长、尾柄长、体高等多数性状均显著高于CC基因型(P<0.05)。【结论】选取FABP基因作为红鳍东方鲀的生长候选基因进行研究,其中两个SNPs位点可以作为分子育种的候选位点。
关键词(KeyWords): 红鳍东方鲀;B-FABP;关联分析;单核苷酸多态性;生长性状
基金项目(Foundation): 大连市科技创新基金项目(2018J12SN070);; 国家海水鱼产业技术体系岗位科学家专项(CARS-47);; 辽宁省重大科技专项(2020ABC)
作者(Author): 杨晓,马文超,杨金,苟盼盼,包玉龙,王秀利,刘圣聪,仇雪梅
参考文献(References):
- [1]吕阳,曹阳,高一,等.草原红牛FABP7基因克隆、生物信息学及组织表达差异分析[J].中国畜牧杂志, 2019,55(9):48-52; 57.
- [2]王璟,白献晓,张家庆,等.去势对淮南猪皮下脂肪PPAR信号通路基因表达量的影响[J].华北农学报,2016, 31(2):92-97.
- [3] MAEKAWA M, OWADA Y, YOSHIKAWA T. Role of polyunsaturated fatty acids and fatty acid binding protein in the pathogenesis of schizophrenia[J]. Current Pharmaceutical Design, 2011, 17(2):168-175.
- [4]吴丹.北京油鸡体重和屠体性状的全基因组关联研究[D].北京:中国农业科学院, 2012.
- [5]隋修磊,张玉茹.鱼类脂肪酸结合蛋白研究进展[J].水产科学, 2019, 38(4):563-574.
- [6]李国治,邓卫东.基因组测序技术及其应用研究进展[J].安徽农业科学, 2018, 46(22):20-22; 25.
- [7] LI M Z, TIAN S L, JIN L, et al. Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars[J]. Nature Genetics, 2013, 45(12):1431-1438.
- [8]朱文.黄姑鱼若干经济相关性状的全基因组关联分析[D].厦门:集美大学, 2018.
- [9]王新安,马爱军,庄志猛,等.红鳍东方鲀体型性状选育指标的综合判定[J].渔业科学进展, 2012, 33(6):10-15.
- [10]张丽,农伟伦,卢建雄,等.八眉猪FABPs主要家族基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析[J].浙江大学学报(农业与生命科学版), 2019, 45(1):109-118.
- [11]王珊.秦川牛及其杂交后代生长发育性状几个候选基因的遗传分析[D].杨凌:西北农林科技大学, 2006.
- [12]柴志欣,王永,罗晓林,等.麦洼牦牛H-FABP、HSL基因多态性及与生长性状的相关分析[J].中国农业科学, 2013, 46(14):3022-3031.
- [13]仇雪梅,李宁,邓学梅,等. Ex-FABP作为鸡腹脂性状主要候选基因的研究[J].生物化学与生物物理进展,2005, 32(5):429-434.
- [14]王启贵,李宁,邓学梅,等.鸡细胞外脂肪酸结合蛋白基因编码区的单核苷酸多态与腹脂性状的相关研究[J].自然科学进展, 2002, 12(4):86-88.
- [15]王启贵,李宁,邓学梅,等.鸡细胞外脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性与腹脂性状的相关研究[J].中国科学(C辑:生命科学), 2001, 31(3):266-270.
- [16]徐松松,安荣荣,陈耀峰,等.鸡FABP2基因单倍型与生长和体组成性状的相关分析[J].中国家禽, 2016,38(8):5-9.
- [17]廖秀冬,任立明,王光瑛,等.北京鸭FABP2基因多态性与体尺和屠体性状的相关性研究[J].中国家禽,2012, 34(17):23-26; 30.
- [18]夏正龙.建鲤FABPs基因克隆及jl FABP2a多态性与生长性状的关联分析[D].南京:南京农业大学, 2012.
- [19]赵宪林,曹少杰,王俊全. MC4R基因多态性及基因型组合与藏羊生长性状的关联分析[J].农业生物技术学报, 2018, 26(3):429-436.
- [20]张世勇,王明华,钟立强,等.斑点叉尾鮰MSTN基因4个SNP位点及其与生长性状的相关性[J].江苏农业科学, 2017, 45(1):30-33.
- [21]谢淑媚,牛东红,阮海灯,等.缢蛏IGFBP基因结构及生长性状相关SNP筛选[J].水产学报, 2015, 39(6):799-809.
- [22]王启贵.鸡FABP基因克隆、表达特性及功能研究[D].哈尔滨:东北农业大学, 2004.
- [23] SHAUL O. How introns enhance gene expression[J].International Journal of Biochemistry&Cell Biology,2017, 91(Pt B):145-155.
- [24] BOURDON V, HARVEY A, LONSDALE D M. Introns and their positions affect the translational activity of m RNA in plant cells[J]. 2001, 2(5):394-398.
- [25] CALLIS J, FROMM M, WALBOT V. Introns increase gene expression in cultured maize cells[J]. Genes&Development, 1987, 1(10):1183-1200.
- [26] SALEM M, VALLEJO R L, LEEDS T D, et al.RNA-Seq identifies SNP markers for growth traits in rainbow trout[J]. PLoS One, 2012, 7(5):e36264.
- [27] HOSHIDA H, KONDO M, KOBAYASHI T, et al.5′-UTR introns enhance protein expression in the yeast Saccharomyces cerevisiae[J]. Applied Microbiology and Biotechnology, 2017, 101(1):241-251.
- [28]李胜杰,樊佳佳,姜鹏,等.大口黑鲈HSC70-1基因多态性及其双倍型与生长性状的关联分析[J].南方水产科学, 2018, 14(6):74-80.