王菁,刘付柏,许尤厚,黄宝松,王忠良

• 1:广东海洋大学水产学院
• 2:广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室

摘要(Abstract)：

【目次】了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。【结果】转录组数据中共挖掘到673 782个SNP位点,分布在110 869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条。

关键词(KeyWords)： 方斑东风螺;单核苷酸多态性;转录组测序

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 2019年“冲一流”省财政专项资金建设项目(校〔2019〕21号);; 广东省自然科学基金(2019A1515011875);; 广东省省级科技计划项目(国际科技合作领域)(2019A050510044);; 2020年度校级大学生创新创业训练计划项目(CXXL2020002);; 广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室(钦州学院)开放基金(2017KB03)

作者(Author): 王菁,刘付柏,许尤厚,黄宝松,王忠良

参考文献(References)：

• [1]杨蕊,吴开畅,于刚,等.养殖模式对方斑东风螺生长及主要环境因子的影响[J].水产科学,2019,38(5):610-615.
• [2]姚高友,辜自强,谭杰,等.不同饵料对方斑东风螺幼螺生长的影响[J].广东海洋大学学报,2017,37(4):118-122.
• [3]董晓慧,吴业阳,杨原志,等.方斑东风螺对饲料中铜的需要量[J].广东海洋大学学报,2014,34(3):21-29.
• [4]方斑东风螺“海泰1号”长速提高优良性状稳定[J].海洋与渔业,2019 (10):46-48.
• [5]李雷斌,刘志刚.5种药物对方斑东风螺面盘幼虫的急性毒性[J].广东海洋大学学报,2008,28(3):34-38.
• [6]李丽,金帆.单核苷酸多态性分析技术的应用及其最新进展[J].国际遗传学杂志,2009,32(4):307-311.
• [7]SAITO Y,MOTEGI K,BAG S S,et al.Anthracene based base-discriminating fluorescent oligonucleotide probes for SNPs typing:Synthesis and photophysical properties[J].Bioorganic&Medicinal Chemistry,2008,16(1):107-113.
• [8]侯振平,蒋思文.单核苷酸多态性的研究进展[J].中国畜牧杂志,2004,40(4):45-47.
• [9]赵莲,薛蓓,高焕,等.SNP分子标记技术在经济甲壳动物中的应用进展[J].海洋渔业,2017,39(2):233-240.
• [10]陈晓敏,刘建勇,张嘉晨,等.凡纳滨对虾过氧化氢酶基因单核苷酸多态性及其与耐低溶氧性状的相关性[J].广东海洋大学学报,2016,36(6):16-20.
• [11]SHIMODA N,KNAPIK E W,ZINITI J,et al.Zebrafish genetic map with 2000 microsatellite markers[J].Genomics,1999,58(3):219-232.
• [12]张建勇.中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）基因组SNP标记的开发与应用[D].青岛:中国海洋大学,2011.
• [13]DU Z Q,CIOBANU D C,ONTERU S K,et al.Agene-based SNP linkage map for pacific white shrimp,Litopenaeus vannamei[J].Animal Genetics,2010,41(3):286-294.
• [14]刘进,刘志刚,王辉.海洋经济贝类遗传连锁图谱研究进展[J].广东海洋大学学报,2014,34(1):83-90.
• [15]MORIN P A,LUIKART G,WAYNE R K,et al.SNPs in ecology,evolution and conservation[J].Trends in Ecology&Evolution,2004,19(4):208-216.
• [16]SEEB L W,TEMPLIN W D,SATO S,et al.Single nucleotide polymorphisms across a species’range:implications for conservation studies of Pacific salmon[J].Mol Ecol Resour,2011,11:195-217.
• [17]程方圆,陶紫玉,李晨虹.应用单核苷酸多态性(SNP)标记鉴定短颌鲚、湖鲚和刀鲚[J].上海海洋大学学报,2019,28(1):10-19.
• [18]ZHANG D Z,TANG B P,DING G,et al.Molecular authentication of the fashionable dainty Eriocheir japonica sinensis based on mitochondrial DNA bar coding[J].Eur Food Res Technol,2009,230(1):173-178.
• [19]李纪勤,包振民,李玲,等.栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析[J].中国海洋大学学报(自然科学版),2013,43(1):56-63.
• [20]王忠良,丁燏,许尤厚,等.马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞转录组测序数据中SNP标记的开发及其功能注释分析[J].海洋与湖沼,2018,49(2):403-412.
• [21]刘洪涛,刘金叶,杨明秋,等.基于转录组测序的波纹唇鱼SSR和SNP多态特征分析[J].基因组学与应用生物学,2020,39(6):2451-2461.
• [22]孙扬,郭宝英,祁鹏志,等.基于转录组的曼氏无针乌贼SSR与SNP位点信息分析[J].浙江海洋大学学报(自然科学版),2019,38(2):100-106.
• [23]CHEN W,SONG W,CHEN F F,et al.Development and characterization of SNP derived from spinyhead croaker(Collichthys lucidus) by RNA-seq[J].Conservation Genetics Resources,2017,9(4):573-577.
• [24]ROBLEDO D,RUBIOLO J A,CABALEIRO S,et al.Differential gene expression and SNP association between fast-and slow-growing turbot (Scophthalmus maximus)[J].Scientific Reports,2017,7(1):12105.
• [25]LI S J,LIU H,BAI J J,et al.Transcriptome assembly and identification of genes and SNPs associated with growth traits in largemouth bass (Micropterus salmoides)[J].Genetica,2017,145(2):175-187.
• [26]刘峻宇,刘均辉,孔杰,等.凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析[J/OL].渔业科学进展:1-9[2020-10-22].https://doi.org/10.19663/j.issn2095-9869.20191022001.
• [27]孙雪,李胜杰,姜鹏,等.利用RNA-Seq技术开发草鱼生长性状相关基因和SNP标记[J/OL].水产学报，1-11.(2020-06-11)[2020-10-23].http://kns.cnki.net/kcms/detail/31.1283.S.20200611.0854.002.html.
• [28]王冉,刘红.凡纳滨对虾繁殖性状的SNP分子标记筛选的初步研究[J].上海海洋大学学报,2018,27(6):825-832.
• [29]ROBINSON N A,GJEDREM T,QUILLET E.Chapter 2.Improvement of disease resistance by genetic methods[M]//Jeney G,ed.Fish Diseases.Amsterdam:Elsevier,2017:21-50.
• [30]SAITO Y,MOTEGI K,BAG S S,et al.Anthracene based base-discriminating fluorescent oligonucleotide probes for SNPs typing:Synthesis and photophysical properties[J].Bioorg Med Chem,2008,16(1):107-113.
• [31]COLLINS D W,JUKES T H.Rates of transition and transversion in coding sequences since the human-rodent divergence[J].Genomics,1994,20(3):386-396.
• [32]史东杰,陈晓璇,魏东,等.三色锦鲤皮肤转录组测序与功能分析[J/OL].基因组学与应用生物学:1-18[2020-11-28].http://kns.cnki.net/kcms/detail/45.1369.Q.20200827.0853.002.html.
• [33]章霞,柳敏海,李凌刚,等.东海带鱼(Trichiurus japanicus)肝脏转录组SSR和SNP特征分析[J].渔业研究,2019,41(4):269-277.
• [34]刘小红.基于RNA-seq技术的玉米SNP和In Del标记分析[J/OL].分子植物育种:1-10.(2020-01-10)[2020-10-22].http://kns.cnki.net/kcms/detail/46.1068.s.20200110.1150.004.html.
• [35]张德宁,吕建建,刘萍,等.三疣梭子蟹生长相关SNP位点的鉴定[J].中国水产科学,2015,22(3):393-401.
• [36]王家丰.长牡蛎基因区SNP标记规模开发及其在遗传育种研究中的应用[D].青岛:中国科学院研究生院(海洋研究所),2013.
• [37]周玉兰,闫守泉,牛艳茹,等.太平洋牡蛎HSP70基因SNPs开发及其与温度相关性分析[J].广东海洋大学学报,2017,37(3):14-22.
• [38]李丽,金帆.单核苷酸多态性分析技术的应用及其最新进展[J].国际遗传学杂志,2009,32(4):307-311.
• [39]TAO H,COX D R,FRAZER K A.Allele-specific KRT1expression is a complex trait[J].PLo S Genet,2006,2(6):848-858.
• [40]KARKERA J D,CARDONA G M,BELL K,et al.Oncogenic characterization and pharmacologic sensitivity of Activating Fibroblast Growth Factor Receptor (FGFR) genetic alterations to the selective FGFR inhibitor erdafitinib[J].Mol Cancer Ther,2017,16(8):1717-1726.
• [41]沈甜甜,方翼.成纤维细胞生长因子受体抑制剂erdafitinib的药理作用及临床评价[J].临床药物治疗杂志,2020,18(6):6-10.
• [42]穆卿,王瑞雪,王荣,等.Wnt10b基因的生理功能及其在绒毛周期性生长中的作用研究进展[J].畜牧与饲料科学,2020,41(3):22-27.
• [43]熊玲,王超,曾晓云.髓过氧化物酶、单核细胞趋化蛋白-1促进脑梗死的发生[J].神经损伤与功能重建,2020,15(6):360-361.
• [44]PRAVALIKA K,SARMAH D,KAUR H,et al.Trigonelline therapy confers neuroprotection by reduced glutathione mediated myeloperoxidase expression in animal model of ischemic stroke[J].Life Sci,2019,216:49-58.
• [45]舒福兴.池蝶蚌脂多糖诱导的肿瘤坏死因子（Hs LITAF）的分子结构特征和功能分析[D].南昌:南昌大学,2017.
• [46]刘欣.基于日本沼虾转录组的免疫基因发掘[D].保定:河北大学,2016.
• [47]KIM H B,CHO W J,CHOI N G,et al.Clinical implications of APEX1 and Jagged1 as chemoresistance factors in biliary tract cancer[J].Ann Surg Treat Res,2017,92(1):15-22.
• [48]郑智华,吴春林,李振喜,等.APEX1和Vimentin在肝细胞癌中的表达及临床意义[J].广东职业技术教育与研究,2018 (4):88-92.
• [49]张欢,董迎辉,姚韩韩,等.缢蛏(Sinonovacula constricta) GST和HSP90基因克隆及其在氨氮胁迫下的表达特征分析[J].海洋学报,2020,42(4):66-78.
• [50]刘新伟.凡纳滨对虾TOR信号通路及其2个重要成员的功能研究[D].青岛:中国科学院大学(中国科学院海洋研究所),2018.
• [51]杜江丽.凡纳滨对虾蜕皮激素应答基因的结构功能及其调控Wnt信号通路的初步研究[D].青岛:中国科学院大学(中国科学院海洋研究所),2018.
• [52]黄攀.IGF-1/PTEN/Akt/Fox O信号通路在大鼠水浸束缚应激中作用研究[D].南京:南京农业大学,2012.